团市委机关设办公室、组织部、宣传部、学少部、权益部5个职能部门。团市委直属有仙游县、荔城区、城厢区、涵江区、秀屿区等五个县（区）团委，湄洲岛党工委，湄洲岛北岸党工委，市直机关团工委，莆田学院团委、湄洲岛职业技术学院团委等直属高校团委，市金融团工委，快递行业团工委，税务系统团工委，消防救援系统团工委。